線虫群集分析のためのPCR-DGGE法（DNA合成酵素連鎖反応－変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法）の性能を評価する方法の1つは、得られたDGGEパターンに基づくサンプル間の類似度が、同一サンプル群を形態同定で分析して得られた結果に基づくそれと相関するか否かを調べることである。しかし、野外のサンプル群を用いる場合は、電気泳動時に複数のが重なったり、形態同定の精度が高くないなどの問題がある。そこで、種が明らかな培養線虫を混合して作製した人工群集を用いて検討した。PCR反応ではプラトーに達するまでは個体数などに応じた定量的な検出が可能であると期待されるが、実際に個々の線虫種のDGGEの相対輝度は、群集中の個体数やバイオマスと有意に相関した（ケンダールのτ= 0.61 - 0.92）。また、相対輝度に基づいて算出した群集間の類似度も、やはり個体数やバイオマスに基づくそれと有意な高い相関を示した（ピアソンのr = 0.98 - 0.99）。従って、構成種数が多くない群集では特に、PCR-DGGE法が群集間類似度を検出する性能は高いと結論した。

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In recent years, Japan's yield of Koshihikari, the rice variety most prized by consumers, has increased year by year. However, it has been suggested that other varieties of rice are being mixed in with rice labeled and circulated as Koshihikari. The Japanese Agricultural Standards has therefore been revised and labeling based on the so-called Standards for Quality Labelling of Unpolished and Polished Rice introduced. The General Food Policy Bureau has carried out on-the-spot inspections to endure fair labeling and has published the results. To ensure fair labeling, it is additionally necessary to identify scientifically the rice variety. In the present study, in order to distiguish Koshihikari, we examined suitable methods of DNA extraction from rice grains and identified the varieties available on the market by PCR using STS-primers. Sufficient rice-grain DNA was extracted using a modification of the DNA Clean-up System method. 0.5-5.2mg of DNA was extracted from each rice grain. In the case of rice consisting of Koshihikari only, the validity of the labeling could be judged by PCR using an STS-primer. With some rice varieties, it was also possible to judge the validity of the labeling by comparing the PCR electrophoresis pattern with that of pure breeds. DNA of a rice variety other than indicated on the lavel was detected in about 40% of samples. The rate of contamination is however unknown. During rice cleaning, it seems likely that bran from other rice varieties adheres to the rice surface.

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Somatic mutations in the epidermal growth factor receptor (EGFR) gene in non-small-cell lung cancers (NSCLC) are a well-established predictive factor for the response of tumors to EGFR tyrosine kinase inhibitors.In the present study,we developed a simple method for detecting somatic mutations in exons 19 and 21 of the EGFR gene,which covers approximately 90% of known mutations in Japanese patients suffering from NSCLC,and evaluated it.
Our findings indicated that the presence of around 1% of genes harboring L858R mutation was sufficient for detecting mutation by our method,although a mutation rate of at least 20% appeared to be necessary for direct sequencing detection.Molecular diagnosis to detect target mutations was successful when various DNA samples taken from fresh or frozen biopsy specimens,or formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) blocks or slices for pathological examination,or tumor materials obtained from surgical resection were employed.
These results show that our method is a simple,low cost means of achieving rapid,sensitive detection of the major EGFR mutations and that it would be a practical diagnosis procedure for hospitals.

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A method based on the real-time polymerase chain reaction (PCR) has been developed as the Japanese official standard method for the quantitative analysis of approved genetically modified (GM) maize by the Ministry of Health, Labour, and Welfare (MHLW) and the Ministry of Agriculture, Forestry, and Fisheries (MAFF). MHLW also defines three methods to extract genomic DNA used as analytes in the real-time PCR method. These three DNA extraction methods include a method using a silica-gel membrane kit (mini method), a silica-based resin type kit ( method), and the method using a buffer containing cetyltrimethylammmonium bromide (CTAB method). On the other hand, the DNA extraction method using a larger size silica-gel membrane kit (MAXI method), which was employed in collaborative studies to evaluate the performance of the real-time PCR method, has been identified by MAFF for the same purpose. However, the influence of the DNA extraction methods on the GM maize quantitative value using the real-time PCR method has not been demonstrated. Therefore, genomic DNA was extracted from the mixed flour-sample containing a known amount of MON810 and GA21 line, according to four different DNA extraction methods, and analyzed by the real-time PCR method with the aim of examining the influence of the extraction methods on the GM maize quantitative value.

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21カ月齢黒毛和種肥育牛が下顎と耳下の腫瘤を主訴に受診した．臨床検査により体表リンパ節腫大が見られ，耳下腺リンパ節の細針吸引による細胞診で，中・大型異型リンパ球が約90%認められた．血液および血液生化学検査では著しいリンパ球増多，乳酸脱水素酵素および血清チミジンキナーゼ活性の高値が認められた．牛白血病ウイルス（Bovine leukemia virus：BLV）抗体およびBLV遺伝子を検索したところ，どちらも陽性を呈した．病理学的検査では全身のリンパ節腫大が認められ，また組織学的検査で，B細胞型の牛白血病と確定診断された．さらに，inverse-polymerase chain reaction（PCR）法により，BLVプロウイルス単クローン性組込みが確認され，本症例は地方病型牛白血病（Enzootic bovine leukosis：EBL）であると診断された．これらの結果より，EBLは3歳未満でも発症することが証明された．

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Tofu samples, which were purchased in the Tokyo and Kanagawa markets before and after the enforcement of the mandatory labeling system (April 1, 2001) for genetically modified (GM) foods, were examined by qualitative PCR to detect the recombinant DNA of the Roundup Ready soybean. The recombinant DNA was detected in 13 of 30 tofu samples purchased before the enforcement. Of those with detected DNA, eight samples were labeled as "non-GM". For the samples purchased after the enforcement, the recombinant DNA was detected in 7 of 25 tofu samples and all of the positive ones were labeled as "non-GM". The GM soybean contents of the material soybean for the tofu samples showing positive recombinant DNA and labeled as "non-GM" were estimated by quantitative PCR using the ABI 7700 system. The results suggested that all of the tofu samples were made from soybean containing less than 1% of the GM one. In the mandatory labeling system, agricultural products can be regarded as non-GM when it is confirmed that they are treated under the "Identity Preserved (IP) Handling" during their production/distribution processes and it is well recognized that unintentional mixing is inevitable even during the IP handling of products. Therefore, we concluded that the non-GM labeled tofu samples showing positive recombinant DNA were made from IP handling soybeans, based on their low GM soybean contents.

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A viroid was detected from coleus (Coleus blumei Benth.) in Japan, which was 1 nucleotide larger (249nt) than coleus blumei viroid 1 (CbVd1) and coleus yellow viroid (CYVd), indicating that the viroid was an isolate of CbVd1. Four species of plants in Labiatae (Mentha spicata, Mentha arvensis var. piperascens, Ocimum basilicum and Melissa officinalis), in addition to coleus, were first found to be infected with the CbVd1 without showing any detectable disease symptoms.

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PCR法を用いて, 遺伝子組換えダイズ (GMSダイズ), 非組換えダイズ (non-GMSダイズ) 及びそれらのダイズを用いた加工食品から組換え遺伝子の検知を行った. DNA溶液の調製は, CTABを用いる方法が有効であった. 検知感度は, ダイズ種子において0.05%のGMSダイズの混入したものまで, 豆腐においては0.5%のGMSダイズを含有した豆腐までであった. 市販豆腐41試料に本法を適用し, 27試料の豆腐から組換え遺伝子を検知した. 納豆では, 本法による組換え遺伝子の検知は困難であった. しかし, 挽割り納豆において, nested PCR 法によりダイズに内在的に含まれるレクチン遺伝子を検知できた.

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本論文ではWWW情報統合プラットフォームの1つとして，ユーザが複数のアニメーションキャラクタとインタラクションしながら協調的に情報検索や情報統合を行うマルチキャラクタインタフェース(MCI: Multiple-Character Interface)を提案する．MCIではユーザはキャラクタインタフェースをもつ複数の情報エージェントをプラットフォーム上でプラグアンドプレイ的に協調させることが可能である．ユーザに情報統合の過程を隠蔽する従来の情報統合システムとは異なり，MCIでは情報統合の過程がユーザに対してオープンであり，ユーザはキャラクタのインタラクションを通してその過程を理解し，それを変更することができる．MCIに基づく情報統合プロトタイプとして，3体のキャラクタによる協調型レシピ検索システムVenus & Marsを開発した．さらに，その評価を of Oz法を用いて行った．その結果，複数のキャラクタはユーザの検索要求の範囲を広げる効果もあることが明らかになった．

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現在、ナノ構造の構築技術においてDNAやタンパク質といった生体高分子を用いたボトムアップ的手法に注目が集まっている。 RecAタンパク質は、二本鎖DNAと一本鎖DNAとの相補的な塩基配列の部位において複合体を形成し、三本鎖構造を形成する性質を有する。本研究では、このRecAタンパク質の性質を用いて位置特異的に二本鎖DNA上に一本鎖DNAを配置することにより、ナノ構造体の構築を目的とする。

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DNA塩基配列中のシトシン残基のメチル化と脱メチル化は，ヒストンのアセチル化やクロマチン構造の変化とともに，エピジェネティックな遺伝子発現制御機構の一つとして注目を集めている．シトシン残基のメチル化を検出する方法としては，5-メチル化シトシン特異抗体を用いた免疫染色によって視覚的にDNAのメチル化を検出する方法や，bisulfite-sequencing法やMethylation-sensitive-restriction enzyme（MSRE）-PCR法など，メチル化シトシンを塩基配列レベルで検出する方法がある．今回は，マウス初期胚から抽出したゲノムDNAを対象に，標的とする塩基配列中のすべてのメチル化シトシンの検出する実験方法について紹介する．

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Identification of the gene encoding human vitamin K epoxide reductase complex subunit 1 (VKORC1 ),the main target molecule of coumarin derivatives,has contributed to clarifying racial differences in susceptibility to warfarin (Wf).However,although the discovery of genetic polymorphisms of the VKORC1 gene greatly aided understanding of the causes of great inter-individual variation in the response to Wf,a means of determining the optimal maintenance dose of the drug for each patient has not yet been established.
From the viewpoint of application to both research and routine laboratory testing in the near future,we established a rapid and simple,simultaneous genotyping method for 2 known critical genetic factors,VKORC1 and CYP2C9 .The basic principle of this method is multi-primer PCR in which the genotypes of these genes are determined within 2 hr using a single thermal cycling condition.The intensity of the band amplified from the CYP2C9*3 allele is much greater than that obtained with the method currently used,indicating that the new method would be advantageous in visual diagnosis.Furthermore,since this method was applicable to non-blood derived samples,it would be suitable for a wide variety of patients whose blood is hard to collect,such as small children suffering from Kawasaki disease,or those with few leucocytes due to the adverse effects of chemotherapy with anti-cancer agents.

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ハクサイ黄化病の発病程度と土壌の生物性との関連性を明らかにするため，群馬県内の発病程度の異なる圃場の非根圏土壌を経時的に採取し，変性剤濃度勾配ゲル電気泳動（PCR-DGGE）を用いて土壌の細菌相，糸状菌相および一般線虫相のShannon-Wienerの多様性指数（H'）ならびに黄化病菌（Verticillium dahliaeおよびV. longisporum）と発病助長線虫であるキタネグサレセンチュウ（Pratylenchus penetrans）のDNAの相対強度と黄化病の発病程度との関連を調べた．その結果，前作収穫後（9–10月）の一般線虫相H'において，翌年の黄化病の発生程度との間で特に強い負の相関関係が見られた．一方，DNAの相対強度に関しては，同時期の黄化病菌とキタネグサレセンチュウの相対強度と黄化病の発病程度が正に相関し，加えてキタネグサレセンチュウの相対強度は，一般線虫相H'と負に相関することが認められた．以上の結果から，前作収穫後（9–10月）に採取した土壌では，一般線虫相の多様性指数，黄化病菌およびキタネグサレセンチュウの相対強度といった多くの特徴が次作の黄化病の発病程度と関連していることが示唆された．

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生体高分子であるDNAが持つ自己組織化能力に着目し、DNAを足場として微細加工を実現しようとする研究が進められている。本研究では、自然界に存在するプラスミドDNAを制限酵素で切断し、ビオチンタンパク質を修飾させたDNAとライゲーションさせることでビオチン付きのプラスミドDNAを作製し、ビオチンと特異的に結合するストレプトアビジンを介してメガネ形状のDNA構造体を作製した。

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鹿児島県の日本紅斑熱患者多発地域である肝付町の波見・南方および新富,それにキャンプ場がある垂水市の猿ヶ城渓谷,錦江町の神川大滝公園と照葉樹の森で,2003年4月から2005年にマダニ類の採集を行った.採集されたマダニ類は4属8種の3,477個体であった.これらのダニ類について,PCR法による日本紅斑熱リケッチア遺伝子の検出を行った.PCR産物の電気泳動で300-400bpにが見られた20サンプルについて塩基配列の解析を実施し,4サンプルの塩基配列を決定することができた.日本紅斑熱リケッチアDNA断片が検出された4サンプルは,肝付町波見の林道沿いで採集されたフタトゲチマダニ若虫1個体,タカサゴチマダニ雄成虫1個体,ヤマアラシチマダニ若虫5個体プール,それに肝付町南方の叶岳山頂で採集されたヤマアラシチマダニ雌成虫1個体であった.

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