ブルームーンアンサンブル法の実装

抄録

ブルームーンアンサンブル法 (Carter et al., 1989, Chem. Phys. Lett. 156, 472; Sprik & Ciccotti, 1998, J. Chem. Phys. 109, 7737)は、指定された反応座標に沿って、自由エネルギー変化を計算する方法の一種である。ここでは、「粒子間距離」および「粒子間距離の差」を反応座標に取る場合についてブルームーン法のアルゴリズムを導出した。アルゴリズムの実装は、任意のプログラムに実装可能なように、フォートラン様の擬似コードを用いて説明した。