ケモインフォマティクス討論会予稿集
第40回ケモインフォマティクス討論会 山口
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ポスター発表
3 次元格子点を用いた重ね合わせが不要で配座変化に頑健なタンパク質特性記述子の創成
*川﨑 惇史山﨑 広之西端 芳彦
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p. P11-

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抄録
タンパク質とリガンドの記述子を用いた様々な標的タンパク質およびリガンドにわたる化合物-標的相互作用のin silicoの網羅的な予測に関するいくつかの研究が報告されている。ここで我々は、タンパク質の3 次元形状と物理化学的な特性を考慮するために、タンパク質の周りの3次元格子点に基づく新しいタンパク質記述子を検討した。ただし、3 次元格子点は通常、タンパク質の重ね合わせを必要としており、配座変化に影響を受けやすいという問題点があるため、網羅的な相互作用予測に用いるのは困難である。そこで我々は、配向が異なる複数の立体構造から作成した3次元格子点セットに対して主成分分析を行い、その上位の主成分得点を記述子として用いること、さらに、配座変化による感受性が低くなるようにするために一般的なドッキングやCoMFA で用いられる格子点間隔よりも広く設定することにより、3次元格子点の問題点を解決できるのではないかと考えた。本研究では、これらを確認するための2種類の検証を行った。
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