バクテリアType Strainの塩基配列の情報科学(一般講演4A)

抄録

21世紀の生命科学は、セントラルドグマである遺伝子とその発現を中心として発展してきている。情報科学の観点からの研究も、この進展に寄与できると思われる。本論では、16S r DNAのType Strain (基準株)のDNA塩基配列として登録されている4386種類を取り上げ、その配列に共通の並び(Primerとして使用できる並び)を色々の角度から調べる。まず、Primerの長さ依存性を調べ、長さにより釣り上げられるDNA種類量が急激に落ちる点をPrimerの端点候補とする試みを行う。次に、Universal Primerの探索を試みる。1点の変異を許すいくつかのPrimerで、ほとんどが釣り上げられること、ミスがあるのは、データの側に問題があることがわかってきた。