蛋白質表面形状分析手法PROTEINを用いたポケット形状評価

抄録

薬と蛋白質の反応において，薬は蛋白質表面上の窪み（ポケット）に入り込みやすいとされている．我々は蛋白質の薬との反応性における評価値算出手法の確立を目指しており，その前段階として本報告では各ポケット形状の評価値を算出する手法を提案する．本手法では，蛋白質表面上から抽出された各ポケットに対して，形状特徴量を算出し，薬との反応性が高いサンプルポケットの形状特徴量との類似度比較により評価値を算出する．