岡山県には、和牛の近代的育種が開始される以前の「蔓牛」に由来する系統を、他系統との交配を避けて維持してきた閉鎖集団が残されている。本研究ではこの希少系統の維持保存を目的として、その遺伝的特徴についてマイクロサテライトマーカーを用いて解析した。希少系統39個体および対照として他系統の個体および本希少系統と他系統との交雑個体計33個体について、23座位のマイクロサテライトマーカーの遺伝子型を決定した。その結果、希少系統では対立遺伝子数の平均値は3.22、有効対立遺伝子数の平均値は2.04、ヘテロ接合度の平均値は、実測値で0.4827、推測値で0.4599となり、いずれも対照群よりも低い値を示した。次に、希少系統の各個体を世代毎に分けて近交係数、ヘテロ接合度の平均値、１座位あたりの対立遺伝子数の平均値を算出したところ、世代が進むにしたがって近交係数は7.94から16.79に上昇するとともにヘテロ接合度は0.6273から0.4534に低下し、集団の遺伝的多様性が減少していることが示唆された。さらに各マーカーの遺伝子型をもとに72個体についてのクラスター解析および分子系統樹の作成を行ったところ、いずれの方法においても希少系統は対照群と遺伝的に明確に区別されること、希少系統内では家系に対応した大きく２つのグループに分かれることが明らかとなった。以上の結果は、今後の本希少系統の維持保存と、黒毛和種の育種への利用にあたって、有用な情報を提供するものと考えられた。
