フラグメント分子軌道法におけるモノマーSCC計算の高速化

抄録

フラグメント分子軌道法を高速化するため、モノマーSCC計算にダイナミックアップデートの手法を導入した。この手法は、既に、いくつかの量子化学計算で、線形方程式を解く際に利用されている。ポリグリシン（GLY₂₀、GLY₄₀、GLY₆₀）によるテスト計算の後、HIV-1プロテアーゼのロピナビル複合体の計算を行った。結果、モノマーSCC計算の時間が3分の1程度に短縮された。また、モノマーSCC計算のイタレーション数が並列数に依存することを確認し、これについても議論した。