分子動力学法によるカイコフェロモン結合タンパク質の ループの柔軟性の解析

抄録

最近、カイコのフェロモン結合タンパク質とその基質との複合体の結晶構造が明らかになった [Chem. Biol. 7, 143-151 (2000)]。その構造から、アミノ酸残基60-69からなるループは、結合ポケットの柔らかな蓋の役割を果たしていることが示唆された。この仮説を検証するために、複合体の結晶構造を基に、基質と結合していないアポタンパク質の分子動力学シミュレーションを行った。シミュレーションでは、問題のループは、結晶構造とは別のコンフォーメーションを取り、しかも、タンパク全体の中で一番柔軟性に富む部位であった。よって、このループが蓋の役割をしているという仮説の妥当性が、強く示唆された。