エコーウイルス外殻蛋白質のMDシミュレーション：多重配座RESPによる電荷決定

抄録

エコーウイルス外殻蛋白質はポケット因子と呼ばれる低分子を結合している。回転隊対称性境界条件によるMDシミュレーションは、外殻蛋白質全体構造の安定性とポケット因子の関連を調べるための有力な方法である。その準備として、多重配座RESPによるポケット因子とミリストイル化合物の精密な電荷決定、および、ヒスチジンのプロトネーションの決定などを報告するとともに、短いMDシミュレーションから得られたポケット因子の運動を解析する。