5量体計算セルを用いた回転対称性境界条件の開発

抄録

回転対称性境界条件はウイルス外殻タンパク質などの正20面体対称性をもつ分子集合体の計算を小さな計算セルに制限し高速計算する方法であるが、既存の計算セルでは内部RNA遺伝子の放出に関連した5回回転軸まわりの非対称変形を扱うことができない。そこで、計算セルの境界平面、回転行列、群表、空間分割表などを再定義し、従来の5倍の大きさの計算セルを用いたプログラムを開発したので、試行的な解析結果とあわせて報告する。