化合物空間の重み付きネットワーク解析

抄録

化合物空間をネットワークにより表現することで空間の特徴を捉えようとする試みが先行研究でされている．このネットワークでは頂点が化合物を表し，二つの化合物の類似度がある閾値よりも高ければ頂点間にリンクが張られる．しかし，ネットワーク構造は閾値の設定に大きく依存する．そこで本研究では，二頂点間のリンクの重みを化合物の類似度とした重み付きネットワークを考える．生物活性低分子データベースのChEMBLから各ターゲットに対する化合物のデータを取得し，それらの重み付きネットワークの構造を解析した．その結果，極めて強く他の頂点とつながるような頂点は見当たらなかった．またネットワーク全体のコミュニティ構造は弱かった．しかし部分的に，互いに強くつながり合い，全体とは異なる生物活性分布をもつ化合物の集合が見られた．また特に強い(もしくは特に弱い)生物活性値をもつ化合物同士は強くつながり合っていることもわかった．