mRNA機能のオントロジー構造に着目したクラスタリング

抄録

遺伝子の発現データをクラスタリングする研究が盛んに行われているが、多くは従来の階層的クラスタリング技法をそのまま利用している。このような方法を単純に利用するだけでは、遺伝子データに対して既に得られているドメイン知識を十分に利用することは難しい。ドメイン知識の一例は、messenger RNA (mRNA) のgene ontology である。そこで本報告では、gene ontology用語を利用したクラスタリングを提案する。1つの方法はgene ontologyを利用した類似度を定義し、従来の階層的技法を利用することである。2つ目は、最近注目されているmodularity indexに基づく方法の応用である。実データによる数値実験の結果を示す。