タンパク質の立体構造検索システム

抄録

タンパク質の機能と立体構造の類似性を解析するため、類似な立体構造を検索するシステムを試作した。本システムでは、類似性の尺度としてr. m. s. d値を用い、比較する立体構造の対応付けを表す解釈木を幾何学的な関係を利用して枝刈りすることによって一次構造の連続性に依存せずに空間的に類似な構造を検索する。ATPIGTPbindingsiteに関する機能部位の立体構造をブローブとしてPDBに登録されているタンパク質から類似な構造を検索した結果、複数のタンパク質から同じ機能部位を収集することができ、本手法の有効性が確認できた。