ルックアップテーブルを用いたタンパク質配列の比較アルゴリズム

抄録

Murataのアルゴリズムにルックアップテーブルの考え方を導入することによ り、同種アミノ酸配列だけの対応を考慮するタンパク質配列比較アルゴリズム を考案した。このアルゴリズムは、Murataのアルゴリズムに比べて、演算が10 倍ほど高速に行え、ギャップペナルティーを18にした時にほぼ同じアライン メントを得ることができた。また、FASTAより2、3倍演算は遅いが、より精 度の高い類似度を与えることも明らかにした。