新規 Implicit membrane モデルの開発と膜タンパク質系への応用

抄録

本研究では、膜タンパク質の構造予測を計算コストを抑えて効率的に行うために、新規 Implicit membrane モデルの開発を行った。Implicit membrane モデルとは、脂質分子が形成する低誘電率層を模倣したモデルで、膜中におけるタンパク質の溶媒和自由エネルギーと通常の MM 力場計算に基づき、膜中でのMD計算を行う。我々は新たな膜モデルを考案し、モデルの妥当性を種々の膜タンパク質系に適用し検証した。