琵琶湖には内湖が33湖存在しており、これら内湖は様々な生物・化学的様相をもっている。近年、公園化事業や湖岸の整備などにより、内湖の面積が急速に変化してきている。その内の大小さまざまな大きさの内湖24湖25地点において、2002年6月から毎月1回の調査を行った。それぞれの内湖が植物プランクトンの種組成や栄養塩濃度の変動からどのような状態で存在しているのか、さらに、集水域環境の相違点から内湖の特性を明らかにしようとした。本研究で得られた結果から湖北西側で琵琶湖水の影響を受ける内湖と影響が小さい内湖では、植物プランクトンの種組成と現存量に大きな違いがあった。