抄録
さまざまな植物のゲノム情報が利用可能になり、遺伝子ファミリーの網羅的な探索とその比較解析が進んでいる。私たちは、イネ科植物でゲノム配列情報が利用可能な、イネ、ブラキポディウム、ソルガム、トウモロコシについて、また、オオムギ、コムギの全長cDNA情報について、情報学的に転写因子ファミリーを探索し、統合的なデータベースGramineaeTFDBを構築した。GramineaeTFDBは、これらイネ科植物の転写因子について、予測遺伝子機能、遺伝子構造、ドメイン構成、Gene Ontologyなどの基本的な機能アノテーションとともに、GeneChipのプローブデータなど、それぞれの生物種の多様な配列情報への関連づけ情報を提供する。また、予測されたそれぞれの転写因子の転写上流域に対して、PLACEデータベースから提供されるcis-motifの検索を行い、その分布をGramineaeTFDBに実装した。GramineaeTFDBはWeb上からアクセスできるデータベースとして、機能アノテーションやcis-motifをクエリとした多様な検索インタフェースを実装し、イネ科植物の転写制御ネットワークの解明に有用な情報基盤として機能すると考えられる。
