ミトコンドリアDNA（mtDNA）の塩基配列は，動物の系統解析に非常に適しているため，系統解析の標準的な手法として広く用いられてきた．現在では，分子生物学の技術的進歩により配列決定のコストが低下したため，ミトコンドリア全ゲノムを用いた解析が行われている．多くの鳥類でミトコンドリア全ゲノムがDNAデータバンクに登録されているが，登録されている種数は全鳥種に比べるとまだ少ない．遺伝的多様性の評価，保全管理単位の確立，絶滅のおそれのある隠蔽種の発見，再導入に適した系統の選択などに役立つmtDNAの塩基配列情報を収集することは重要である．私たちは，日本の絶滅危惧鳥類のサンプルを収集し，そのミトコンドリア全ゲノムを決定した．DNAは劣化して断片化していたため，より短い断片を増幅するための16種類のプライマーセットを設計した．LA Taqとこれらのプライマーセットを用いたPCRにより，mtDNAのコード領域（12S rRNAからチトクロムbまで）の16の断片が得られ，その配列を決定することができた．ND6遺伝子からコントロール領域までの領域については，先に決定したコーディング領域の両端に外向きのPCRプライマーを設計し，ロングPCRにより増幅した．本手法により，合計51サンプルのミトコンドリア全ゲノムが得られ，チトクロムbと12S rRNAの間の遺伝子配列に二型が見つかった。これらは系統学的分析の良いマーカーとなるだろう．この51サンプル中には12目27科49種が含まれ，そのうち46種／亜種が日本で絶滅の危機に瀕している．これらのデータは，鳥類の系統解析や保全生物学に貢献するものである．
