ソフトウェア紹介
分子動力学法ソフトウェアGENESIS の紹介
2022 年 24 巻 1 号 p. 51-59
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2022 年 24 巻 1 号 p. 51-59
GENESIS(Generalized-Ensemble Simulation System)はタンパク質や核酸，膜分子などの生体システムの分子動力学法計算エンジン，モデリング，解析ツールを含んだプログラムである．これまでに計算が難しかった時空間の生命科学等を解析するため，「富岳」などスーパーコンピュータによる効率的な大規模並列計算を実現できることが大きな特長である．本稿では，GENESIS の特徴などを述べるとともに，公開版GENESIS1.7 と，開発版GENESIS2.0b3 の二つの最新版に対して，代表的な機能や高速化について紹介する．
