Genome Informatics

巻号一覧

12 巻

選択された号の論文の161件中51～100を表示しています

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BIOCAD Project for Constructing a Biological System in Silico

Tadashi Adachi, Nana Matoba, Hiroyuki Kurata

2001 年 12 巻 p. 284-285
発行日: 2001年
公開日: 2011/07/11

DOIhttps://doi.org/10.11234/gi1990.12.284

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Simulation and System Analysis of Gene Regulatory Networks Using the Two-phase Partition Method

Hiroyuki Kurata, Takahiro Inoue, Yoshiyuki Sumida, Shin Tanaka, Takesh ...

2001 年 12 巻 p. 286-287
発行日: 2001年
公開日: 2011/07/11

DOIhttps://doi.org/10.11234/gi1990.12.286

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Simulation of the Pattern Formation in Multicellular Organism by Genomic Object Net

Atsushi Doi, Rie Yamane, Naoyuki Yamasaki, Haruka Yoshimori, Ryutaro M ...

2001 年 12 巻 p. 288-289
発行日: 2001年
公開日: 2011/07/11

DOIhttps://doi.org/10.11234/gi1990.12.288

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Biopathway Model Conversion from E-CELL to Genomic Object Net

Mika Matsui, Atsushi Doi, Hiroshi Matsuno, Yuichi Hirata, Satoru Miyan ...

2001 年 12 巻 p. 290-291
発行日: 2001年
公開日: 2011/07/11

DOIhttps://doi.org/10.11234/gi1990.12.290

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Genomic Object Net: Petri Net Enhancement for Multi-Cellular Processes

Yuichi Hirata, Hiroshi Matsuno, Makiko Sasaki, Satoru Miyano

2001 年 12 巻 p. 292-293
発行日: 2001年
公開日: 2011/07/11

DOIhttps://doi.org/10.11234/gi1990.12.292

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Gene Toggle Switches Only with Positive Feedback Loops

Tetsuya Kobayashi, Luonan Chen, Kazuyuki Aihara

2001 年 12 巻 p. 294-295
発行日: 2001年
公開日: 2011/07/11

DOIhttps://doi.org/10.11234/gi1990.12.294

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Regulation Analysis by Combining the Information Obtained from the mRNA Expression, Protein Expression and Metabolic Fluxes

Chen Yang, Qiang Hua, Kazuyuki Shimizu

2001 年 12 巻 p. 296-297
発行日: 2001年
公開日: 2011/07/11

DOIhttps://doi.org/10.11234/gi1990.12.296

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In Silico Metabolic Pathway Modeling and Analysis of Mycoplasma pneumoniae

Jin Sik Kim, Sang Yup Lee

2001 年 12 巻 p. 298-299
発行日: 2001年
公開日: 2011/07/11

DOIhttps://doi.org/10.11234/gi1990.12.298

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Circadian Oscillation and Stochastic Noises

Nobukazu Ohki, Masatoshi Hagiwara

2001 年 12 巻 p. 300-301
発行日: 2001年
公開日: 2011/07/11

DOIhttps://doi.org/10.11234/gi1990.12.300

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A Study of Spatial Formation of Immune Cells

Shin I. Nishimura

2001 年 12 巻 p. 302-303
発行日: 2001年
公開日: 2011/07/11

DOIhttps://doi.org/10.11234/gi1990.12.302

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Pathway Finding from Given Time-Courses Using Genetic Algorithm

Shinichi Kikuchi, Daisuke Tominaga, Masanori Arita, Masaru Tomita

2001 年 12 巻 p. 304-305
発行日: 2001年
公開日: 2011/07/11

DOIhttps://doi.org/10.11234/gi1990.12.304

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Modeling Photorespiration Pathway through E-CELL

Pawan Dhar, Emily Wang, Yoichi Nakayama, Masaru Tomita

2001 年 12 巻 p. 306-307
発行日: 2001年
公開日: 2011/07/11

DOIhttps://doi.org/10.11234/gi1990.12.306

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Estimation of Genetic Networks of the Circadian Rhythm in Cyanobacterium Using the E-CELL System

Fumihiko Miyoshi, Yoichi Nakayama, Masaru Tomita

2001 年 12 巻 p. 308-309
発行日: 2001年
公開日: 2011/07/11

DOIhttps://doi.org/10.11234/gi1990.12.308

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A Simulation Model of Diabetes Using E-Cell System

Yasuhiro Naito, Hiroshi Ohno, Sae Seno, Yuki Oguchi, Atsumi Sano, Hiro ...

2001 年 12 巻 p. 310-311
発行日: 2001年
公開日: 2011/07/11

DOIhttps://doi.org/10.11234/gi1990.12.310

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Towards Simulation of Whole Metabolic Pathways in Human Erythrocyte

Ayako Kinoshita, Yoichi Nakayama, Masaru Tomita

2001 年 12 巻 p. 312-313
発行日: 2001年
公開日: 2011/07/11

DOIhttps://doi.org/10.11234/gi1990.12.312

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An Electrophysiological Simulation Model of the Myocardial Cell Using E-CELL System

Motohiro Yoneda, Yasuhiro Naito, Shoko Miyamoto, Sayaka Ishinabe, Shin ...

2001 年 12 巻 p. 314-315
発行日: 2001年
公開日: 2011/07/11

DOIhttps://doi.org/10.11234/gi1990.12.314

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Design and Development of Software Environment for Whole-Cell Simulation

Yusuke Saito, Kenta Hashimoto, Takeshi Sakurada, Yuki Fujita, Kouichi ...

2001 年 12 巻 p. 316-317
発行日: 2001年
公開日: 2011/07/11

DOIhttps://doi.org/10.11234/gi1990.12.316

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E-CELL Simulation Environment Version 3: System Architecture of Simulation Engine

Kouichi Takahashi, Takeshi Sakurada, Yohei Yamada, Tomoya Kitayama, Ma ...

2001 年 12 巻 p. 318-319
発行日: 2001年
公開日: 2011/07/11

DOIhttps://doi.org/10.11234/gi1990.12.318

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Computer Simulation of the Asymmetric Cell Division in Early Development of C. elegans Embryo Using E-CELL System

Azusa Kuroki, Akio Kanai, Masaru Tomita

2001 年 12 巻 p. 320-321
発行日: 2001年
公開日: 2011/07/11

DOIhttps://doi.org/10.11234/gi1990.12.320

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Modeling Environment for Large-Scale Models Using the E-CELL System

Yoichi Nakayama, Katsuyuki Yugi, Yohei Yamada, Masaru Tomita

2001 年 12 巻 p. 322-323
発行日: 2001年
公開日: 2011/07/11

DOIhttps://doi.org/10.11234/gi1990.12.322

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Development of the Bacteria Analysis System on G-Language Genome Analysis Environment

Koya Mori, Kazuharu Arakawa, Masaru Tomita

2001 年 12 巻 p. 324-325
発行日: 2001年
公開日: 2011/07/11

DOIhttps://doi.org/10.11234/gi1990.12.324

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G-Language Genome Analysis Environment

Kazuharu Arakawa, Koya Mori, Masaru Tomita

2001 年 12 巻 p. 326-327
発行日: 2001年
公開日: 2011/07/11

DOIhttps://doi.org/10.11234/gi1990.12.326

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Prediction System for Dumbbell-Type Proteins: SOSUIdumbbell

Nobuyuki Uchikoga, Shun-ya Takahashi, Ke Runcong, Fumitsugu Akazawa, M ...

2001 年 12 巻 p. 328-329
発行日: 2001年
公開日: 2011/07/11

DOIhttps://doi.org/10.11234/gi1990.12.328

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Molecular Dynamics Simulation of Protein Translocation across a Membrane

Mitsuharu Okazaki, Tomoki Watanabe, Naohito Urakami, Takashi Yamamoto

2001 年 12 巻 p. 330-331
発行日: 2001年
公開日: 2011/07/11

DOIhttps://doi.org/10.11234/gi1990.12.330

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Classification and Analysis of Inter-Helical Loop Segments in Membrane Proteins

Takatsugu Hirokawa, Makiko Suwa, Yutaka Akiyama

2001 年 12 巻 p. 332-333
発行日: 2001年
公開日: 2011/07/11

DOIhttps://doi.org/10.11234/gi1990.12.332

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Comprehensive Functional Identification of Prokaryotic Transmembrane Proteins by Binary Topology Pattern

Yoshiaki Sugiyama, Masafumi Arai, Toshio Shimizu

2001 年 12 巻 p. 334-335
発行日: 2001年
公開日: 2011/07/11

DOIhttps://doi.org/10.11234/gi1990.12.334

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Classification of Eukaryotic 7-tms Transmembrane Proteins by Binary Topology Pattern

Yasuhito Inoue, Yoshiaki Sugiyama, Masami Ikeda, Toshio Shimizu

2001 年 12 巻 p. 336-337
発行日: 2001年
公開日: 2011/07/11

DOIhttps://doi.org/10.11234/gi1990.12.336

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Comprehensive Analysis of Transmembrane Protein Sequences in 39 Microbial Genomes

Masafumi Arai, Keisuke Noto, Demelo Madrazo Lao, Masami Ikeda, Toshio ...

2001 年 12 巻 p. 338-339
発行日: 2001年
公開日: 2011/07/11

DOIhttps://doi.org/10.11234/gi1990.12.338

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Methods for Detecting the Signal Peptide in Transmembrane and Globular Proteins

Demelo Madrazo Lao, Toshio Shimizu

2001 年 12 巻 p. 340-342
発行日: 2001年
公開日: 2011/07/11

DOIhttps://doi.org/10.11234/gi1990.12.340

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Detection of Hidden Periodicity in Protein Sequences and Its Correlation with Structure and Function of Proteins

Andrew A. Laskin, Eugene V. Korotkov, Nikolai A. Kudryashov

2001 年 12 巻 p. 343-344
発行日: 2001年
公開日: 2011/07/11

DOIhttps://doi.org/10.11234/gi1990.12.343

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Analysis of Complementarity of Protein-Protein and Protein-DNA Interactions Using the Molecular Surface Database, eF-site

Kengo Kinoshita, Yuko Tsuchiya, Haruki Nakamura

2001 年 12 巻 p. 345-347
発行日: 2001年
公開日: 2011/07/11

DOIhttps://doi.org/10.11234/gi1990.12.345

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Functional Proteomics in Silico: Putative Protein Interaction Analysis

Chung-Yen Lin, Chen-Zen Lo, Chao A. Hsiung

2001 年 12 巻 p. 348-349
発行日: 2001年
公開日: 2011/07/11

DOIhttps://doi.org/10.11234/gi1990.12.348

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Protein Classification Comparison Server

Jun-Hyung Park, Sung-Ryong Ryu, Cheolmin Kim, In Song Koh, Jong Park

2001 年 12 巻 p. 350-351
発行日: 2001年
公開日: 2011/07/11

DOIhttps://doi.org/10.11234/gi1990.12.350

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Discovery and Classification of Peptide Family G-Protein Coupled Receptors in the Human Genome Sequence

Maria E. Levchenko, Toshiaki Katayama, Minoru Kanehisa

2001 年 12 巻 p. 352-353
発行日: 2001年
公開日: 2011/07/11

DOIhttps://doi.org/10.11234/gi1990.12.352

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A Novel Protein Soft Docking Algorithm Based on Spectral Analysis of Shape Complementarity

Atsushi Yoshimori, Carlos A. Del Carpio M.

2001 年 12 巻 p. 354-355
発行日: 2001年
公開日: 2011/07/11

DOIhttps://doi.org/10.11234/gi1990.12.354

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Scoring Protein-Substrate Complex Decoys Based on Electrostatic and Hydrophobic Complementarities: Evaluation of Hormone-Receptor Interactions

Yoshihiro Katsuta, Atsushi Yoshimori, Carlos A. Del Carpio M.

2001 年 12 巻 p. 356-357
発行日: 2001年
公開日: 2011/07/11

DOIhttps://doi.org/10.11234/gi1990.12.356

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Protein Folding Recognition Based on Amino Acid Physicochemical Property Profiles

Daisuke Komatsu, Atsushi Yoshimori, Carlos A. Del Carpio M.

2001 年 12 巻 p. 358-359
発行日: 2001年
公開日: 2011/07/11

DOIhttps://doi.org/10.11234/gi1990.12.358

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A Bioinformatic Approach for RNA 3D Structure Prediction: Development of a Knowledge-Base for 2D-to-3D Structural Elements Compatibility Analysis

Yoshimitsu Shigenobu, Carlos A. Del Carpio

2001 年 12 巻 p. 360-361
発行日: 2001年
公開日: 2011/07/11

DOIhttps://doi.org/10.11234/gi1990.12.360

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Conformational Search and Potential Energy Analysis of Protein β-Hairpin Formations by Parallel Exhaustive Tree Search

Makoto Ando, Yutaka Akiyama, Hideo Matsuda

2001 年 12 巻 p. 362-363
発行日: 2001年
公開日: 2011/07/11

DOIhttps://doi.org/10.11234/gi1990.12.362

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Comparative Analysis of Protein Charge Distribution in Genome Scale

Ke Runcong, Shigeki Mitaku

2001 年 12 巻 p. 364-365
発行日: 2001年
公開日: 2011/07/11

DOIhttps://doi.org/10.11234/gi1990.12.364

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PepAssem, a Peptide Assembly Algorithm for a Complex Protein Mixture

Sang-Hee Shim, Doo Soo Chung

2001 年 12 巻 p. 366-367
発行日: 2001年
公開日: 2011/07/11

DOIhttps://doi.org/10.11234/gi1990.12.366

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Multiple Zinc Finger Motifs with Comparison of Plant and Insect

Nobuyuki Kawagashira, Yasuhiro Ohtomo, Kazuo Murakami, Kenichi Matsuba ...

2001 年 12 巻 p. 368-369
発行日: 2001年
公開日: 2011/07/11

DOIhttps://doi.org/10.11234/gi1990.12.368

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Analysis of Amino Acid Substitution Rate in Proteins between Hyperthermophilic and Mesophilic Organisms Using Complete Genome Data

Tomoya Yamashita, Goki Kashima, Akio Kanai, Asako Sato, Kenji Higashi, ...

2001 年 12 巻 p. 370-371
発行日: 2001年
公開日: 2011/07/11

DOIhttps://doi.org/10.11234/gi1990.12.370

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Structural Affectivity of Protein Chain Growth by t-RNA System

Yasuo Yonezawa, Sadaharu Ueno

2001 年 12 巻 p. 372-373
発行日: 2001年
公開日: 2011/07/11

DOIhttps://doi.org/10.11234/gi1990.12.372

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An Approach for Homology Search with Reconfigurable Hardware

Yoshiki Yamaguchi, Tsutomu Maruyama, Akihiko Konagaya

2001 年 12 巻 p. 374-375
発行日: 2001年
公開日: 2011/07/11

DOIhttps://doi.org/10.11234/gi1990.12.374

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Aligning and Scoring Motifs Based on Secondary Characteristics

Pedro Gonnet, Frédérique Lisacek

2001 年 12 巻 p. 376-377
発行日: 2001年
公開日: 2011/07/11

DOIhttps://doi.org/10.11234/gi1990.12.376

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Heuristic Probe Mining Based on Multiple Sequence Analysis

Byeong-Chul Kang, Heung-Soo Park, Ho-Young Kang, Hee-Kyung Park, Cheol ...

2001 年 12 巻 p. 378-379
発行日: 2001年
公開日: 2011/07/11

DOIhttps://doi.org/10.11234/gi1990.12.378

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Amino Acid Substitution Matrices Estimated by Maximum Likelihood

Leonardo De Oliveira Martins, Paolo M. De A. Zanotto

2001 年 12 巻 p. 380-381
発行日: 2001年
公開日: 2011/07/11

DOIhttps://doi.org/10.11234/gi1990.12.380

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A Web Server for Multiple Sequence Alignment Using Genetic Algorithm

Tsutomu Yokoyama, Takumi Watanabe, Akito Taneda, Toshio Shimizu

2001 年 12 巻 p. 382-383
発行日: 2001年
公開日: 2011/07/11

DOIhttps://doi.org/10.11234/gi1990.12.382

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Target Prediction of Transcription Factors: Refinement of Structure-Based Method

Akinori Sarai, Samuel Selvaraj, M. Michael Gromiha, Joerg-Gerald Siebe ...

2001 年 12 巻 p. 384-385
発行日: 2001年
公開日: 2011/07/11

DOIhttps://doi.org/10.11234/gi1990.12.384

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