RNAウイルスは複製過程でDNAの形態をとる必要はなく，RNAのみで複製サイクルを完結する．一方で，1970年代以降から，RNAウイルス感染細胞内にRNAウイルスに由来するDNA断片が検出されることが知られていた．さらに，21世紀に入り，真核生物のゲノムにはレトロウイルス以外のRNAウイルスに由来する遺伝配列が存在することも明らかとなってきた．これらRNAウイルスに由来するDNA配列は，転移因子であるレトロトランスポゾンが持つ逆転写機構を介して作られると考えられている．内在性RNAウイルス配列の多くは，真核細胞におけるプロセス型偽遺伝子と同じ機構で形成されるが，感染細胞においてRNAウイルスの“偽遺伝子”が作られる意義については明らかではない．著者らは，一本鎖マイナス鎖RNAウイルスであるボルナウイルスに由来する内在性ボルナウイルス様エレメント（Endogenous bornavirus-like elements: EBLs）を発見し，哺乳動物ゲノムにおけるEBLsの多様性と生理的機能について研究を行ってきた．EBLsの解析は，宿主とボルナウイルスとの攻防と共存の歴史をひも解く手段を私たちに与えてくれる．本項では，哺乳動物ゲノムに存在する内在性RNAウイルス配列，特にEBLsの機能についての知見を概説するとともに，生命進化におけるRNAウイルス内在化の意義について考察を行いたい．

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　ハワード・テミンが提唱したDNAプロウイルス仮説に始まるゲノムウイルス学は，生物ゲノムの多様性と進化におけるレトロウイルスの役割について多くの知見を明らかにしてきた．一方，私たちはヒトをはじめとする多くの哺乳動物のゲノムに，逆転写酵素を持たないマイナス鎖RNAウイルスであるボルナウイルスの遺伝子断片が内在化していることを発見した．その後，さまざまな非レトロウイルス型ウイルスの内在化が報告され，生物のゲノムにはこれまでに考えられていた以上にウイルス由来の配列が存在することが明らかとなった．本稿は，2011 IUMS国際ウイルス会議・第59回日本ウイルス学会学術総会で講演した内容をもとに，内在性ボルナウイルス因子の発見と動物ゲノムにおける内在性ウイルス因子の存在意義について，最近の知見を交えながら考察を行うものである．

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　モノネガウイルス目に属するボルナウイルス科ボルナウイルス属には，哺乳類に感染するボルナ病ウイルスと鳥類に感染する鳥ボルナウイルスが同定されている．ボルナウイルスは神経系組織に好んで感染することが知られており，自然感染した動物ではさまざまな神経疾患を発症することが明らかとなっている．ボルナ病ウイルスはウマやヒツジの伝染性脳脊髄炎（ボルナ病）の原因であり，中枢神経系への持続感染が特徴である．一方，鳥ボルナウイルスは腺胃拡張症と呼ばれる難治性の消耗性疾患を引き起こす．これまで，ボルナウイルスは遺伝的に良く保存されていると考えられていたが，鳥ボルナウイルスには少なくとも9つの遺伝子型が存在することが報告され，ボルナウイルス属の多様性が明らかになってきている．ボルナウイルスは，細胞核での持続感染や宿主ゲノムへの内在化など，他のRNAウイルスではみられない多くの特徴を有している．本稿では，ボルナウイルスによる疾患に加えて，これまでの研究で明らかとなったユニークなウイルス学的性状について紹介する．

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　私たちのゲノムの8%は内在性レトロウイルスによって占められている．内在性レトロウイルスは過去におけるレトロウイルス感染の痕跡であり，現存する唯一の「ウイルス化石」として，ウイルスと宿主との共進化に様々な知見を提供してきた．一方で，複製の際に宿主ゲノムへの組み込み（インテグレーション）を必要としないウイルスの生物系統的な内在化はこれまでは知られていなかった．最近，私たちはヒトをはじめとする多くの哺乳動物のゲノムにマイナス鎖RNAウイルスであるボルナウイルスの遺伝子断片が内在化していることを発見した．これは，生物ゲノムに見つかった初めてのRNAウイルス化石である．さらに，自らは逆転写酵素を有していないボルナウイルスが宿主由来のレトロトランスポゾンを介して宿主DNAへとインテグレーションされる可能性も示された．この発見は，RNAウイルスと宿主との新たな相互作用を示すとともに，遺伝学や細胞生物学をはじめとする多岐にわたる分野に大きな影響を与えた．本稿では，内在性ボルナウイルス因子の発見について概説するとともに，現在次々と発見されているレトロウイルス以外の内在性ウイルス断片についての最新知見を紹介する．

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