マメ科植物の根粒菌(共生窒素固定菌)を含むことが確認されている菌種は現時点(2003年2月)で12属44種(新種に相当すると考えられる4つの分離菌も含めた)に及ぶ。これらは,16SrDNA系統樹において根粒菌として1か所にまとまることはなく,AlphaproteobacteriaからBetaproteobacteriaにかけて分布する以下の9つの
単系統群
(1〜9)に分散すること,根粒菌以外の菌種(以下の括弧内に示した)と混在しながらそれぞれの
単系統群
を構成していることが認められた。
単系統群
1:根粒菌としてはRhizobiumおよびAllorhizobium属細菌が含まれている(非根粒菌であるAgrobacteriumおよびBlastobacter属細菌も
単系統群
1の構成メンバーとして混在している),2:SinorhizobiumおよびEnsifey属細菌(分類上の所属が不明とされている非根粒菌も混在),3:Mesorhizobium属細菌(非根粒菌であるAminobacterおよびPseudaminobacter属細菌も混在),4:Bradyrhizobium属細菌およびBlastobacter denitrificans(非根粒菌であるAgromonas, Nitrobactey, AfipiaおよびRhodopseudomonas属細菌も混在),5:"Methylobacterium nodulans"(非根粒菌のMethylobacterium属細菌も混在),6:Azorhizobium属細菌(非根粒菌であるXanthobacterおよびAquabacter細菌も混在),7:"Devosia neptuniae"(所属不明とされる非根粒菌も混在),8:Burkholderia属細菌(非根粒菌のBurkholderia細菌も混在),9:Ralstonia taiwanensis(非根粒菌のRalstonia属細菌も混在)。このうち,
単系統群
5,8および9については,いずれも単系統性が高く,多相分類学的な特徴付けも十分になされていることから,「根粒菌と非根粒菌が混在している状態の
単系統群
が,全体として1つの属にまとめられている」という現行の分類体系は今後とも存続していくものと思われる。それ以外の6つの
単系統群
に関しては,A)人為分類に基づく現行の分類体系を今後もそのまま存続させていく;B)分子系統解析の結果を重視し,
単系統群
全体を1つの属としてまとめる;C)
単系統群
の中に認められるより小さな系統ごとに属として独立させる,という3つの選択肢のうちのBあるいはCを有力候補としながら,属レベルの分類体系(定義と範囲)に関する研究・議論がこれから活発に進められていくであろう。
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