青山 哲也, 田中 利彦
応用物理
2020年
89 巻
3 号
127
発行日: 2020/03/10
公開日: 2020/03/10
ジャーナル
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今井 登, 長嶋 利夫, 加瀬 究, 田島 右副, 青山 哲也, 高久 英明, 折井 孝彰
計算力学講演会講演論文集
2012年
2012.25 巻
1413
発行日: 2012/10/06
公開日: 2017/06/19
会議録・要旨集
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*青山 哲也, 竹内 希
日本火山学会講演予稿集
2023年
2023 巻
B3-05
発行日: 2023年
公開日: 2024/01/15
会議録・要旨集
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高橋 陽一, 盛高 裕生, 磯部 雅彦, 渡辺 晃
海岸工学論文集
1989年
36 巻
519-523
発行日: 1989/11/07
公開日: 2010/03/17
ジャーナル
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*三浦 康弘, 赤城 嘉也, 田中 利彦, 青山 哲也, 宮本 和範, 内山 真伸, 大澤 映二
会議録・要旨集
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*上原 拓也, 横田 裕基, Kim Byung-Soon, 橋爪 大輔, Ribierre Jean-Charles, 田中 利彦, 村中 厚哉, 内山 真伸, 松本 真哉, 青山 哲也
会議録・要旨集
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千葉 明, 青山 哲也, 鈴木 理恵子, 豊岡 祐美子, 藤田 昌昭, 為我井 秀行, 江口 正, 柿沼 勝己, 大島 泰郎
会議録・要旨集
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3-Isopropylmalate dehydrogenase (IPMDH, EC 1.1.1.85) catalyzes an oxidation-decarboxylation reaction of (2R, 3S)-3-isopropylmalate (IPM) into 2-oxoisocaproate with the aid of NAD^+ in the penultimate step of the biosynthetic pathway of an essential amino acid L-leucine. We have been involved in the mechanistic and molecular recognition studies on IPMDH derived from the extremely thermophilic bacteria Thermus thermophlus HB8. The finding that 2-O-methyl-3-isopropylmalate (1) is an uncompetitive inhibitor of IPMDH, prompted to design conformationally restricted substrate analogs, in which the hydroxy oxygen is intramolecularly bound to an isopropyl carbon to form a ring structure. The oxirane 2 was the most inhibitory among those synthesized. IPMDH appeared to recognize preferentially the anticonformation of the butanedioic acid structure. (2R, 3S)-3-vinylmalic acid (VM) was designed, as a mechanism-based inhibitor. The synthesis of VM was pursued in 6 steps from diethyl (R)-malate. Besides its weak activity as a substrate, VM appeared to be a competitive and mechanism-based inhibitor (K_i values 25 nM) for IPMDH as deduced from the time-dependent and kinetic analyses. By GC-MS and ^1H-NMR analysis of the enzyme reaction of VM, 2-oxo-3-pentenoate (7) was detected as the product. Furthermore, we synthesized deuterium-labeled VM (VM-d_3) and monitored the enzyme reaction by ^2H-NMR spectroscopy. While the signals of VM-d_3 (at δ_D 5.1 and 5.8 ppm) disappeared by consumption of VM-d_3, the signals which derived from 7 emerged at δ_D 2.0 and 7.1 ppm. These results suggest that the transient covalent bond, which was formed between IPMDH and 7, inhibits the IPMDH reaction. Arg94Lys mutant of IPMDH was prepared by site-directed mutagenesis. The mutant enzyme had the same Km value as the native enzyme. But its catalytic efficiency lowered 10^<-2> times as compared with wild-type IPMDH. Arg94 of IPMDH appeared to stabilize the transition state of the IPMDH reaction and participate in the catalytic efficiency.
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*青山 哲也, 上原 拓也, 横田 裕基, Kim Byung-Soon, 橋爪 大輔, Ribierre Jean-Charles, 田中 利彦, 村中 厚哉, 内山 真伸, 松本 真哉
会議録・要旨集
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*上原 拓也, 横田 裕基, Kim Byung-Soon, 橋爪 大輔, 村中 厚哉, 内山 真伸, 松本 真哉, 青山 哲也
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横田 裕基, Byung-Soon Kim, 橋爪 大輔, Jean-Charles Ribierre, 田中 利彦, 村中 厚哉, 内山 真伸, 松本 真哉, *青山 哲也
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*高久 英明, 早川 晴美, 松鷹 宏, 青山 哲也, 田島 右副
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*横田 裕基, 村中 厚哉, 内山 真伸, Jean-Charles Ribierre, 石塚 亜弥, 田中 利彦, 松本 真哉, 青山 哲也
会議録・要旨集
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*青山 哲也, 橋爪 大輔, 石塚 亜弥, 松本 真哉, 武藤 豪志, 高石 和人, 村中 厚哉, 内山 真伸, Jean-Charles Ribierre
会議録・要旨集
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*青山 哲也, 高久 英明, 朱 正明, 今井 登, 折井 孝彰, 山形 豊, 加瀬 究, 田島 右副
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*青山 哲也, Jean-Charles Ribierre, 中尾 愛子, 藤原 隆, 武藤 豪志, 高石 和人, 渡邉 智, 松本 睦良, 江藤 亮平, 松本 真哉, 井上 悟, 村中 厚哉, 橋爪 大輔, 内山 真伸
会議録・要旨集
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