化石記録と分子系統の結果が一致しないという問題は今に始まった話ではないが，近年，哺乳類の現生目の起源と放散が中生代なのか，新生代なのかという点が多く議論されてきた．哺乳形類の起源は2億年以上前であり，中生代のジュラ紀から白亜紀にかけて，ドコドン類との共通祖先群から単孔類，有袋類，有胎盤類に繋がる狭義の哺乳類が分岐したと考えられている．化石記録に基づくと，有胎盤類に含まれる現生目の多くが新生代の古第三紀初頭（6000万～5000万年前）に出現しており，未だ白亜紀からクラウン・クレードの確実な化石は発見されていない．これは有胎盤類が古第三紀初頭に爆発的に放散したという仮説を支持しているが，一方で白亜紀/古第三紀境界（約6600万年前）から有胎盤類の放散時期までの時間があまりに短すぎるという批判もある．最近の研究では，有胎盤類のクラウン・クレード（異節類やローラシア獣類など）の起源が白亜紀，目レベルでの放散が暁新世に起きた可能性が示されており，現状ではそれが化石記録と分子系統の折り合いをつける最適な解釈であろう．

Treatments of species taxonomy for Japanese mammals in “Illustrated Checklist of the Mammals of the World” (CMW) published in 2020 and nine volumes of “Handbook of the Mammals of the World” (HMW) from 2009 to 2019 are compared with those in the second edition of “The Wild Mammals of Japan” (WMJ2) in 2015. Then, the updated taxonomy and current problems of Japanese mammals were discussed. Order Eulipotyphla in CMW and HMW combined orders Soricomorpha and Erinaceomorpha in WMJ2, and Order Cetartiodactyla in CMW joined orders Artiodactyla and Cetacea in HMW and WMJ2; both in reflecting the recent molecular phylogenetic studies. A comparative list of the species names of Japanese mammals between CMW and WMJ2 was made, also with reference to descriptions and literatures in HMW. In CMW, 160 species are found in Japan, and 21 species of them had species names different from WMJ2. Concerning about these species and about species necessary for special consideration in species taxonomy or geographic range, 34 comments were provided for discussion.

Information on specimens of the giraffe, Giraffa camelopardalis, dating from the Meiji era in Japan, is reviewed based on a literature survey. The first giraffe specimen was a mounted skin imported by Yoshio Tanaka, obtained at the Centennial World Exposition in Philadelphia, USA. This specimen was exhibited at the Imperial Museum in Tokyo until 1910. It was subsequently moved to the Tokyo Women’s Higher Normal School (presently Ochanomizu University), and then lost. We found several photographs and drawings estimated to be of this specimen in popular magazines and digital archives of the museums. The first live giraffes in Japan were a pair provided by German animal dealer, Carl Hagenbeck, to Ueno Zoo in 1907. This female and male pair of giraffes died the following year, and their skins and skeletons were preserved and mounted. Our survey also found several reports about these two individuals after their deaths in several popular magazines, books, and newspapers. This paper presents a summary of the events clarified to date, including these specimens’ condition, and discusses them in the context of the history of Japanese museums.

近年のDNA塩基配列解析は，真獣類の系統関係についてさまざまなことを明らかにしてきた．そのなかでの大きな発見の1つが，真獣類は系統的にはアフリカ獣類，異節類，北方獣類という3大グループに分類できるということである．このことは，真獣類の初期進化に大陸移動による超大陸の分断が関わっていることを示唆する．しかし，超大陸の分断だけで，3大グループの間の分岐を単純に説明することはできない．これには，DNA塩基配列解析の第2の大きな成果である分岐年代推定の問題が関わっている．進化の過程でDNAの塩基置換が蓄積する速度は，さまざまな要因によって変動するので，文字通りの分子時計は成り立たない．しかし，分子進化速度の変動を考慮に入れて分岐年代を推定する方法が整備されてきた．そのような方法により，真獣類の3大グループの間の分岐は，超大陸の分断よりも新しいという証拠が集まりつつある．このことは，超大陸が分裂した後も，地質学的な時間スケールでは，大陸間で海を越えた漂着などによって生物相の交流が続いたことを示唆する．こうして真獣類の進化は，大陸移動に伴う超大陸の分断と，幸運に恵まれてはじめて成功する海を越えた漂着という2つの要因が絡み合って進んできたことが明らかになってきたのである．DNA塩基配列解析の第3の大きな成果は，現生生物のゲノム情報から祖先の生活史形質や形態形質などを推定できることであろう．本稿では，2017年に吴らが開発したゲノム情報から祖先形質を推定するための統計手法を解説し，それを真獣類の生活史形質の進化の問題に適用して得られた結果もあわせて紹介する．