いもち病はイネの最も重要な病害である．近年，いもち病真性抵抗性遺伝子型を異にする複数の同質遺伝子系統を混合栽培するマルチラインの利用が試みられ，平成17年産から新潟県産コシヒカリは，「コシヒカリ新潟BL」に全面的に作付転換された．本研究では，「コシヒカリBL」と従来のコシヒカリを識別するために，RAPD法，およびSTS化RAPD法を用い，イネいもち病真性抵抗性遺伝子 Pia，PiiおよびPita-2を識別するSTS化プライマー群を開発した．これらのマーカーの染色体上の座乗位置の特定ならびに同質遺伝子系統24品種，公表遺伝子型が明確な日本栽培イネ51品種を用いたPCR実験の結果から，開発したマーカーが確かに標的とするいもち病抵抗性遺伝子を識別することを確認した．また，複数のプライマーを併用することにより，1回のPCRで数種類のBLを識別する実用的なマルチプレックスPCR用プライマーミックスを開発した．本研究において開発したDNAマーカーを用いることにより，「コシヒカリ新潟BL」を他県産コシヒカリ，および日本栽培稲69品種と識別することが可能である．
