腸内には500種類以上100～1000兆の腸内菌が棲みつき腸内フローラ（細菌叢）を形成する。近年，16SリボソームRNA遺伝子解析法およびメタゲノム解析法の開発により，腸内フローラ研究が飛躍的に進歩した。Clostridium difficile感染症，炎症性腸疾患，過敏性腸症候群，大腸癌，肝疾患（肝硬変，非アルコール性脂肪性肝炎，肝癌），肥満，2型糖尿病，動脈硬化症，多発性硬化症など極めて多数の内科疾患と腸内フローラとの関連性についての新たな知見が報告されている。両者の関連性のみならず，疾病発症に腸内フローラがどのような役割を果たしているかの研究が今後期待される。
