北海道の南西部，中央部，および北東部のアイヌにサハリンアイヌを加えたアイヌ4地域集団を対象にして，日本本土と琉球諸島諸集団の地域差と比較しながら，アイヌの地域差とはいったいどの程度のものであったのかを，頭蓋形態小変異20項目を指標にして評価してみた。地域差の大小関係は，スミスの距離（MMD）を尺度として比較した。北海道アイヌ3集団の地域差の程度は，奄美・沖縄・先島の琉球諸島近世人3集団の地域差よりはやや大きく，東北・関東・九州の日本本土の現代人3集団の地域差とほぼ同程度であった。北海道アイヌのなかでは，道北東部アイヌが道南西部および道中央部のアイヌとやや距離を置く傾向が観察された。サハリンアイヌは北海道アイヌから相当程度遠く離れ，その距離（MMD）の平均値は，北海道アイヌ3地域集団相互の距離の平均値の約4倍にも達した。このような関係は，18項目の頭蓋計測値にもとづいたマハラノビスの距離（D2）でも確かめられた。
