抄録
完全自動タンパク質構造予測を行うプログラムの性能を完比較・検討するCAFASP2(Critical Assessment of Fully Automated Structure Prediction-2)において、FAMSをエントリし、20個のモデル座標を提出した。参照タンパク質の選定及び配列アライメントは、PSI-BLASTを用いた。モデリングはFAMSを用いた。FAMSはデータベース探索とシミュレーティッドアニーリングを組み合わせたアルゴリズムを持つ。配列アライメントからモデリングを通じて全ての過程は完全に自動的に行われた。北里大学チーム「FAMS」と英国「JIGSAW」の両者は8個の目的タンパク質について構造を提出した。モデルの主鎖及び側鎖の正確さはねじれ角によって推定された。特にFAMSのモデルはJIGSAWに比べて側鎖の正確度が高いことが有意に示された。主鎖においても同様の傾向があった。
