芳香性クラスターのタンパク−リガンド相互作用への寄与

抄録

芳香性残基間の相互作用はタンパク質構造において幅広く研究されており、タンパク質に存在する残基の中には三個以上の大きなクラスターを形成し、タンパク質機能、安定性、リガンド結合に関連していることが示されている。創薬において関心が高いのはタンパク質−リガンド間の相互作用である。以前、我々はタンパク質内部同様に、タンパク質−リガンド複合体においても三個以上の芳香環からなる芳香性クラスターが形成されていることを確認することができた。そこで、芳香性クラスター内部および芳香性クラスターと周辺残基との間の、引力的および斥力的相互作用情報を抽出することが、リガンドデザインの一助になるのではないかと考え、201個のタンパク質−リガンド複合体情報に対して芳香性クラスター群の抽出およびモデル化を行い、量子化学計算(ab initio密度汎関数計算)を実行した。