タンパク質の結合ポケットの類似性に関する検討

FMO計算に基づく電子状態インフォマティックス解析

抄録

タンパク質の結合ポケットに結合したリガンドを中心とし、それと強く相互作用するアミノ酸残基の空間分布を、フラグメント分子軌道（FMO）計算を用いて調べた。FMO計算の結果に基づいて結合ポケットを数値的に評価する手法を開発し、異種リガンドや異種ポケットの相同性を検討した。