CRISPRなどの人工制限酵素が,本来の標的DNA配列以外の類似配列を認識して切断することによって生じるDNA変異のこと.それによって予期せぬ遺伝子に変異が入り,基礎研究では得られるデータに影響が出る可能性が,また臨床応用では細胞のがん化などに結びつく危険性が問題とされている.通常,オフターゲット部位は,対象生物のゲノム上で標的DNA配列と3〜4塩基のミスマッチを持つ配列をコンピューターで同定するが,実際に細胞内で生じる部位を反映していないとの報告もある.ゲノム編集を行った細胞でこれらのオフターゲット変異部位について集中的にシークエンシングして,変異が入っている頻度を決定する.