奄美大島の東側に位置する喜界島特産の在来カンキツであるケラジミカン（C. keraji hort. ex Tanaka）の来歴について検討した．Inter Simple Sequence Repeat（ISSR）分析において，多型が認められたバンドを用いて共有バンド率を算出した．ケラジミカンはクネンボ（C. nobilis Lour.）と最も共有バンド率が高く（0.823），次いでキカイミカン（C. keraji hort. ex Tanaka）との共有バンド率が高かった（0.688）．ケラジミカンに認められた16本のバンドはすべてキカイミカンまたはクネンボにも出現した．この3者間でケラジミカンのみに出現する独自のバンドは無かった．この結果から，ケラジミカンがクネンボとキカイミカンとの交雑種である可能性は否定できなかった．葉緑体DNA分析においてはケラジミカン，クネンボおよびキカイミカンは常に同一のバンドパターンを示し，識別できなかった．いずれも自家不和合性であるケラジミカン，キカイミカンおよびクネンボ間の交雑では，ケラジミカンとキカイミカンの正逆交雑において不和合関係が認められ，両者の不和合性に関する遺伝子型が一致することが確認できた．この両者はクネンボとは交雑和合性であった．クネンボとキカイミカンがケラジミカンの親であると仮定した場合，キカイミカンが花粉親の場合に，ケラジミカンはキカイミカンと不和合性になる．以上から，ケラジミカンはクネンボを種子親，キカイミカンを花粉親として発生した可能性があることがわかった．
