北海道中央部ではトドマツが標高200mから1200m程度まで自生するが、標高間相互移植試験により、フェノロジーや成長形質で自生標高への適応が示唆されているが、具体的にどのような遺伝子が関与しているかは不明である。本研究では、高標高（1100-1200m）と低標高（530m）に自生するトドマツ個体間の相互交雑試で得られた高標高×低標高（以下、高×低）の2つの交雑個体を両親として、2011年5月に人工交配を行い、それらの分離集団376個体を用いて連鎖地図を作成した。RAD-Seqで得られた66,035のSNP座のうち、80％以上の個体で遺伝子型が決定でき、親ごとに1:1分離が期待されるaa×ab、ab×aaの遺伝子型を持つそれぞれ576座と567座のSNPを用いて、疑似検定交配を想定して連鎖地図を作成した。その結果、各親についてそれぞれ12連鎖群の地図を作成できた。作成された連鎖群の数は、トドマツの染色体数（2n=24）から予想される数に一致していた。今後、得られた連鎖地図を利用して、実生のフェノロジーや成長形質に関するQTL解析を行う予定である。
