系統地理学では生物（集団）の系統関係と地理的分布から生物進化について考察を行う。集団がこれまでに経験してきた集団動態（集団サイズの拡大・縮小や集団の分岐・混合）は考察を導く上で重要な役割を演じる。
遺伝子型データには過去の集団動態の痕跡が残っているので，遡上合同理論に基づいて集団動態を推定することが可能である。しかし，同じ集団動態の下でも，生じる遺伝子の系図の形にはばらつきが大きいため，単一の遺伝子座からの推定には大きな誤差を伴う。また，集団が分化した後に交雑が生じたり，遺伝子の分岐と集団の分岐の時間が異なる場合は，遺伝子の系図は集団のたどってきた系図と必ずしも一致しない。従って，多数の遺伝子座を用いて複数の集団動態モデルを検討し，結論を導く必要がある。
データから集団動態モデルのパラメータを推定する方法には，尤度を直接計算する方法としない方法の大きく二つがある。基本的に前者は計算コストが高く，後者は低い。また近年，複合尤度による計算コストの小さい方法も提案されている。本発表ではこれらの手法を紹介し，ゲノムワイドデータへの適用や推定に必要なサンプル数などについて議論を行う。
