生体で最大の免疫系組織である腸管には膨大な数と種類の腸内細菌が共生し，宿主の消化吸収はもちろんのこと，免疫系に対しても大きな影響を及ぼしている．Bacteroidesはヒトやマウスの腸内細菌叢を構成する細菌の優勢菌のひとつであるが，その菌種としての特性や宿主に及ぼす機能性に注目した研究は，近年注目されてきている．腸内共生菌は摂取した食品由来成分や腸内共生菌の代謝産物などの腸内環境によって強く影響を受けており，Bacteroidesはオリゴ糖をはじめとする難消化性糖類を資化することができる．特に，Bacteroidesがフラクトオリゴ糖やその構成糖であるGF2およびGF3をいずれも資化することで腸内でのBacteroidesの増殖が活性化される．また，Bacteroidesは腸管免疫系に対して免疫修飾作用を有し，小腸パイエル板細胞に対するIgA産生誘導能はLactobacillusよりも強い．腸管関連リンパ組織の形成が未熟な無菌マウスに対しては，Bacteroidesを投与することによって小腸および盲腸のリンパ節における胚中心の形成を誘導するとともに，腸管粘膜固有層での総IgA産生を活性化することができる．さらに，Bacteroidesの菌体成分による免疫修飾作用は抗原提示細胞を介したT細胞応答の活性化や炎症反応の制御などを通して，生体の生理機能にも大きな影響を与えていると考えられる．
