「内なる外」と呼ばれる腸管は,上皮細胞を介して外界と接しており,そこに存在する多種多様の異物に対応するため,多くの免疫細胞を集積させている.これら異物のなかには,数百兆個にもおよぶ腸内細菌も含まれており,腸管の恒常性維持における腸内細菌と腸管免疫システムの相互作用の重要性が注目されている.各細菌は腸内の特有の領域に局在し,直接的作用,もしくは産生する代謝物を介し,宿主の免疫システムに影響を与えている.本総説では,近年の分析技術の向上に伴い実態が明らかになりつつある腸内細菌を介した免疫制御について,著者らが得ている最近の知見を中心に紹介したい.