ワカキノサクラは独立種,ヤマザクラの品種,ヤマザクラと区別されないという3 つの異なった見解がこれまでに示されている.比較してみると,ワカキノサクラは分枝様式および葉形成がヤマザクラとは大きく異なり明確な区別が可能であるものの,核ITS 領域に基づいた分子系統解析ではヤマザクラに近いことが分かった(Iwamoto et al. in prep.).これらのことからヤマザクラの変種ランクと認めるのが良いと思われる.これまではワカキノサクラはサクラ属Cerasus の下での学名がなかったため,Cerasus jamasakura (Siebold ex Koidz.) H. Ohba var. humilis (Makino) Iwamoto & H. Ohbaとした.