小笠原諸島は太平洋の北西部に位置する亜熱帯の海洋島である．小笠原の生態系は現在進行中の進化の過程を保存するとともに高い固有種率を示しており，2011年にユネスコの世界自然遺産に登録された．しかし，1830年から始まった近代の入植により，森林伐採や侵略的外来種の移入などが生じ，在来生物相は大きな影響を受けている．小笠原では2種の外来種を含む20種の陸鳥と21種の海鳥の繁殖が記録されている．このうち7種の固有種・亜種が絶滅し，5種の繁殖集団が諸島から消滅している．絶滅の原因は，主に生息地の消失，乱獲，侵略的外来種の影響と考えられるが，特に外来哺乳類の影響が大きいと考えられる．小笠原諸島にはこれまでに10種の外来哺乳類が野生化しているが，このうちヤギ，イエネコ，クマネズミ，ドブネズミ，ハツカネズミが現存し，その生態系への影響の大きさから駆除事業が行われている．ヤギは旺盛な植食者であり，移入先ではしばしば森林の草原化，裸地化を促し，土壌流出を生じさせる．小笠原諸島では特に聟島列島でその影響が大きい．また，ヤギが歩き回ることで海鳥の営巣が撹乱される．ヤギは過去に20島に移入されたが，父島以外の島では根絶されており，海鳥の分布拡大が見られる．鳥類の捕食者となるネコは8島に移入され，現在は有人島4島に生残する．父島では山域のネコの排除が進み，アカガシラカラスバトColumba janthina nitensが増加している．ネズミは小笠原諸島のほとんどの島に侵入しており，無人島では駆除事業が進められている．根絶に成功した島では鳥類相の回復も見られるが，再侵入や残存個体の増加が生じている島も多い．外来哺乳類の駆除後には，想定外の生態系の変化も見られている．ヤギ根絶後には抑制されていた外来植物の増加が生じている．ネコ排除後にはネズミが増加している可能性がある．ネズミの駆除後は，これを食物としていたノスリButeo buteo toyoshimaiの繁殖成功の低下が見られている．複数の外来種が定着している生態系では，特定の外来種を排除することは必ずしも在来生態系の回復につながらない．このような影響を緩和するためには，種間相互作用を把握し外来種排除が他種に及ぼす影響を予測しなければ，保全のための事業がかえって生態系保全上の障害になりかねない．このため，外来種駆除を行う場合は複数のシナリオを想定し，生態系変化モニタリングに基づいて次のシナリオを選択し順応的に対処を進めていく必要がある．
