Phylogenetic Analysis of 16S rDNA of Eubacterium exiguum and the Species-specific Regions for Primer Designation

抄録

Eubacterium exiguumは, ヒト口腔病変から頻繁に検出される糖非分解性偏性嫌気性グラム陽性桿菌 (AAGPR) の一種である。菌種とAAGPR菌種との遺伝学的関連性を明確にするために, われわれは本菌種のtype strainおよび, 臨床分離3株の16S rDNA sequenceを解析し, DNA-DNA hybridization analysisにおいて著しく低い相同性を示すAAGPR各菌種 (Cryptobacterium curtum, E. brachy, E. minutum, E. nodatum, E. saphenum, Mogibacterium timidum (旧E. timidum)) と比較検討した。E. exiguumの16S rDNA sequenceは, 同種間では99%以上の高い類似性を示したが, 他のAAGPR菌種を含む代表的な口腔由来グラム陽性桿菌とは, 明らかに遺伝学的差異が認められた。16S rDNA sequenceのなかのいくつかの領域でE. exiguum 4種間で共通であるが他の細菌種とは配列が異なる部位が認められ, これらの領域は菌種特異的領域と考えられた。実際, この特異的な塩基配列をもとに作製した13のプライマーのうち5つが, E. exiguumの16S rDNAのPCR増幅のプライマーとして有効に作用した。そのうちの1ペア (exg 557F+exg 1263R) は, その他の菌種由来のDNAとの非特異的な反応がみられず, 菌種特異的なプライマーとして作用しており, PCR増幅法を用いたさまざまな臨床材料からの検出が可能であることが示唆された。