CARD-FISH法とFACSを併用した，プラスミドDNA由来の薬剤耐性遺伝子と細菌種を結びつける，培養非依存的な薬剤耐性菌の網羅的な解析技術の開発を試みた．大腸菌E. coli菌体とpCR2.1 TOPOプラスミドベクターを使用し，Class A βラクタマーゼTEM-1遺伝子を標的としたモデル実験を行った結果，TEM-1遺伝子を保有するE. coli菌体の蛍光検出が可能であった．活性汚泥試料に本手法を適用し，リアルタイムPCR法による遺伝子定量を行った結果，フローサイトメトリーによるソート前と比較してTEM-1遺伝子が6.2倍〜45.3倍に濃縮され，本手法の有効性が確認できた．さらに，ソート後のサンプルでは，Bacilli綱やNegativicutes綱，Othersなどの割合が増加していたことから，これらが活性汚泥における主要なTEM-1遺伝子保有耐性菌であることが示唆された．
