抄録
近年のDNAシークエンシング技術の革新的進歩（いわゆる，次世代シークエンサー; NGS）により，数百兆個の細菌から構成されるヒト腸内細菌叢の集合ゲノム（マイクロバイオーム）の網羅的で高速な解析が可能となった．また，細菌叢の生物学的あるいは生態学的知見を正確に得るための解析技術の開発や改良もなされ，細菌叢の包括的な研究が世界的に進められるようになった．その結果，ヒト腸内細菌叢の基本的な全体構造や機能，食事等の外的因子による影響，さらには様々な疾患における腸内細菌叢の異常（dysbiosis）等が明らかとなり，腸内細菌叢と宿主ヒトの生理現象がこれまでの想像を越えて密接な関係にあることが示唆された．一方で，サンプルの保存や搬送法，DNA抽出法，用いるシークエンサーの種類等の解析プロトコールによる影響についての詳細な精査も必要になっている．本稿では，NGSを用いたヒト腸内マイクロバイオームの解析法について解説する．
