【目的】IgG4関連疾患（IgG4RD）は近年確立した疾患概念であり，I型自己免疫性膵炎，IgG4関連涙腺・唾液腺炎など多くの疾患を包含し，自己免疫が関わると想定されている．本研究では，IgG4RDに関わる遺伝要因を同定することを目的とする．【方法】48施設から集積した合計850名の症例群と2082名の健常者群のDNAを用い，2,310,564の一塩基多型（SNP）のジェノタイピングを行った．HLA領域についてはSNP2HLAプログラムを用いたimputationを行い，ダイレクトシーケンスも用いてHLAアレルの決定を行った．IgG4RD発症において有意に関連していた遺伝子多型とIgG4RDの臨床的特徴との関連も解析した．【成績】HLA領域とFCGR2B領域の二領域がIgG4RDに有意に関連していた（p≦1.2x10−11）．HLA領域は，HLA-DRB1とHLA-Aに有意な独立したピークを同定した．ペプチド結合部位であるHLADRβ鎖の11番目のアミノ酸部位が最も強く関連しており（p = 1.3x10−22），この部位は他の自己免疫性疾患である関節リウマチ・全身性エリテマトーデスにおいて最も関連を示す部位と共通であった．FCGR2BのSNPは最もFCGR2B遺伝子発現と関連する多型であり，アミノ酸変異を伴う多型と連鎖不平衡にあった．さらに，このSNPはHLA領域の多型と相互作用を示すほか，再発率にも関連していた．【結論】IgG4RDには複数のHLA領域とFCGR2B領域が関連し，他の自己免疫性疾患と共通の遺伝的背景を持つ．FCGR2Bは発症だけでなく予後にも関連する．
