抄録
イネアノテーション計画データベース（RAP-DB）はIRGSPゲノム配列に対する高精度なアノテーション情報や様々な有用情報を公開するためのデータベースである。我々は2008年に公開された新規ゲノム配列（build 5）に対するアノテーションデータを作成した。今回のアノテーション作業では、コムギやオオムギ等の近縁イネ科穀類のFLcDNAやたんぱく質情報のマッピング結果も遺伝子構造予測に利用している。その結果、34,902の転写証拠のある遺伝子座を決定し、遺伝子予測プログラムによる転写証拠のない遺伝子座も9,975予測した。また、MCLとBLASTを利用して遺伝子ファミリー情報を作成し、ソルガムとシロイヌナズナとの比較から種特異的遺伝子ファミリー情報も閲覧可能とした。更に、遺伝子の保存性をゲノムワイドに比較するため、ゲノム配列比較情報を作成しGbrowse_synを利用して、IRGSPゲノムとMSUゲノム、インディカゲノム、ソルガムゲノムとの比較データを公開している。本発表では、ユーザがマーカー間のアノテーションデータを取得できるといった新データ取得システムや手動による文献精査情報、ゲノム上のトランスポゾン情報やオルガネラ由来領域などの新アノテーション情報を含む新しいRAP-DBについて紹介する。
