イネ完全長cDNA高発現シロイヌナズナ変異体データベースRiceFOXの更新

抄録

我々は、近年の研究において、迅速かつ効率的な有用形質の探索を目的とするFOXハンティング法（完全長cDNA高発現遺伝子探索法）を用い、13,000種類のイネ遺伝子を用いて約30,000系統のイネFOXシロイヌナズナ系統を作出し、形態、光合成能、紫外線、元素組成、植物ホルモン、二次代謝物、病害抵抗性、高温/塩耐性といった広範囲な選抜を行ってきた。これらの選抜結果データについては、2008年よりインターネット上で公開している(RiceFOX http://ricefox.psc.riken.jp/)。データベースの公開後も、イネFOXシロイヌナズナ系統の高次選抜を継続してきた。この度、RiceFOXデータベース中のデータを最新のデータに更新し、17,985のイネFOXシロイヌナズナ系統についての選抜結果を収録することになった。そのうちの14,401系統については、導入した完全長cDNAについての記述を備え、表現形質と遺伝子機能との関係性を示唆する。データベース機能に加え、任意のクラスタリング法や距離計算法に則ったクラスタリング・ヒートマップの結果を提供する機能を実装した。この機能は、膨大なデータから性質的に近似の遺伝子を迅速に収集し、視覚的な理解を促進する上で有用であり、個別の実験計画における検討などに有効に利用できる。