抄録
当プロジェクトでは, トマト(Solanum lycopersicum)の矮性品種マイクロトムに由来するcDNAリソース解析とデータベース整備を進めている. これまでに得られたトランスクリプトームの解析結果は, データベースMiBASE(http://www.pgb.kazusa.or.jp/mibase/)とKaFTom(http://www.pgb.kazusa.or.jp/kaftom/)から提供している. MiBASEからは, マイクロトムcDNAを含むトマトESTから構築したUnigene(KTU; Kazusa Tomato Unigene)の配列および機能アノテーションなどの情報を提供している. KaFTomには, マイクロトム完全長cDNAから解読した約1.3万個のHTC(High Throughput cDNA)のアノテーションを格納している.
現在, マニュアルキュレーションより精査したゲノムの構造アノテーションやKTUの更新(KTU version 4)などを進めており, MiBASEとKaFTomの情報を格納した統合データベースTOMATOMICSを構築している.
[謝辞] 本研究は, ナショナルバイオリソースプロジェクト(NBRP)のサポートを受けるとともに, 佐藤忍先生(筑波大学)および有江力先生(東京農工大)の協力のもと, 実施しています.