細菌叢が注目を浴びている。細菌叢のゲノム情報も含めた場合microbiome（マイクロバイオーム）と呼び，このマイクロバイオームという言葉をよく聞くようになった。今までは，細菌といえば感染症における役割において検討されてきた。つまり単離・培養中心で検討されてきたわけだが，実際には地球上に存在する細菌の多くは単離・培養が困難とされ，一部しか検討できていなかったことになる。一方で，2005年に次世代シーケンサーが一般的にも使用できるようになり，細菌叢ゲノム解析が急速に普及した。その結果，細菌叢のバランスによって，さまざまな疾患が発症・悪化することがわかり，その重要性がわかってきた。近年，常在状態でバランスが保たれていた細菌叢の乱れ・破たん（dysbiosis）と各種疾患との関連が徐々に判明し，呼吸器領域での細菌叢の研究も，今後，呼吸器疾患の病態解明や治療方法の開発に重要になっていくと思われる。
