Pseudomonas 属の主要5 菌種に共通に保存されている121 個のhousekeeping proteins より，高い配列多型をもつ8 種類の蛋白配列を選択した．これらの配列を結合した配列（C8HKP）を用い，既報の4MLSA（16S rRNA, gyrB, rpoB, rpoD） を用いた系統解析法と比較した．両者の配列置換率を比較した結果，相関係数はR2=0.897 と高い相関を認め，C8HKP は約 2 倍の解像度を持つことが明らかとなった．加えて，系統樹を比較した結果，各菌種の系統位置は両者で概ね一致していた．このことから，C8HKP による系統解析はPseudomonas 属の系統分類に有用であることが示唆された． さらに， Pseudomonas putida group に同定された多剤耐性株を含む臨床分離株33 株のドラフトゲノム配列を決定し，C8HKP による系統解析を行ったところ，P. putida およびPseudomonas monteilii の基準株とは独立したクラスターが複数認められ，多剤耐性株はこのクラスターの一つに集中して認められた．
