ストリング法によるタンパク質構造変化の解析

松永 康佑

doi:10.11436/mssj.16.29

特集「反応経路探索」

ストリング法によるタンパク質構造変化の解析

松永康佑

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キーワード: ストリング法, 最小自由エネルギー経路, 多状態ベネット受容比法, アデニル酸キナーゼ

ジャーナルフリー

2014 年 16 巻 1 号 p. 29-35

DOI https://doi.org/10.11436/mssj.16.29

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抄録

タンパク質の大規模構造変化は細胞内での重要な反応(酵素反応やシグナル伝達など) の制御に関わっている．それら構造変化の典型的な時間スケールはミリ秒以上であり，全原子モデルを用いたbrute-force な分子動力学シミュレーションでサンプリングすることは難しい．本稿では，構造遷移パスを効率良くサンプリングする手法のひとつであるストリング法の基本概念とプラクティカルな側面を解説するとともに，アデニル酸キナーゼへの応用例を紹介する．

責任著者(Corresponding author)

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