橋本脳症の精神・神経症状（脳症）は多彩であるが，臨床的特徴を知ることで診断できる．橋本脳症は，急性脳症，慢性精神病ならびに小脳失調等の病型をとる．鑑別としては，粘液水腫性脳症，脳炎，認知症，脊髄小脳変性症が挙げられる．血清の抗NAE（anti-NH2 terminal of alpha-enolase）抗体の特異度は90％と高いが，感度は約50％程度である．脳波の基礎律動の徐波化や脳SPECT（single photon emission computed tomography）の血流低下が高頻度にみられる．多くの患者はステロイドが奏効する．橋本脳症を念頭に置き，日常診療に潜む患者を見逃さないことが肝要である．
