抄録
大規模な数値シミュレーションを短時間・高精度で行うには並列計算技術の利用が必要不可欠であり，特に近年進歩の著しい超並列計算機の性能を十分に引き出すことが重要となる．現在，超並列計算機のアーキテクチャとしてはHitachi SR8000，「地球シミュレータ」などに代表されるSMP(Symmetric Multiprocessor)クラスタ形式の採用が一般的となっているが，そのようなアーキテクチャに対してはMessage PassingとLoop Directiveを組み合わせたハイブリッド並列プログラミングモデルが適していると考えられる．一方，最近の材料・生物分野の活発な研究を受けてナノスケール現象の大規模分子動力学解析の需要が拡大している．本研究ではMPI/OpenMPハイブリッド並列プログラミングをタンパク質立体構造予測分子動力学計算に適用，Hitachi SR8000/MPP上で実行してその並列性能を評価した．
